El Registro se configura como órgano unitario adscrito a la Dirección de Economía Social del Departamento de Justicia y Trabajo del Gobierno Vasco. Sin perjuicio de ello, las funciones de legalización y habilitación de libros y de depósito de cuentas de las entidades cooperativas se hallan desconcentradas en las Delegaciones Territoriales de Trabajo, en función del domicilio social de la cooperativa.
El Registro de Cooperativas de Euskadi se configura como un servicio público de funcionamiento gratuito para los ciudadanos y ciudadanas y las entidades interesadas en acceder al mismo. Su Reglamento de organización y funcionamiento se aprueba por el Decreto 59/2005, de 29 de marzo.